科学文献的移动阅读:我的经验

电子文献取代印刷版文献已经成为事实,但多数懒惰的出版社只提供pdf格式的电子文献供下载。pdf是印刷出版时代的产物,在PC上阅读没有问题,排版精美且易于标记。但先进移动阅读已经成为趋势,在屏幕较小的手机或平板上阅读,pdf格式太反人类。目前的移动阅读已经拥有了各种便利,包括同步阅读进度、笔记

幸好,现在已经有了一些解决方案,这些解决方案要不来自于前卫的良心出版者(例如ScienceDirect和Pubmed Central),要不就。。。只有自己动手。

目前最通行的电子书格式有epub和mobi两种。ePub是开源的电子书格式,多数主流阅读软件支持它,包括eBooks (iOS平台)和各个平台的多看阅读等等。mobi则是Kindle折腾出来的一种格式,理所当然地被被Kindle电纸书和各个平台的Kindle app所支持。

在生物医学领域,ScienceDirect数据库是最为庞大的一个。这个数据库的全文文献在提供pdf格式的同时,也提供ePub或者Mobi(Mobipocket)格式备选。在相应全文的pdf链接的右侧,点击“More options…”按钮,可以选择下载其中的任意一个格式。但都有一个等待的过程,系统提示正在为读者转换对应格式。等转换结束了,再点击相应的链接,就可以直接下载了。

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NCBI旗下的Pubmed Central(PMC)一直良心地提供免费全文下载。作为一个国企,他们居然能一直保持前卫且一丝不苟地为人民服务,让我震惊。尽管他们也早早地为全文增加了PubReader服务(这里有示例),简单地讲,就是给网页版的全文做重新排版,适合在小屏幕上阅读。但毕竟还是网页版的,不利于做笔记和离线阅读。好在他们同时也提供了ePub格式的全文。在页面的左上角点击后就可以直接下载。如果需要在Kindle上阅读,可以用Calibre软件转换成mobi格式。

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其他数据库里包含的全文,就没有办法了。但如果你经常阅读一些评论性的文字,这些文字里没有复杂的表格,可以考虑将文字复制粘贴到Word文档里,做一系列简单的转换,自己制作电子书。本站一直在提供的“Nature Reviews. Cancer杂志热点导读电子书分享”就是这么来的。这里只简单地说一下转换步骤:

  1. 浏览网页版全文(需要具备相应权限),将全文贴到Word文档里。建议做简单的排版,如果是多篇文章的话,建议使用样式来排版并生成目录。
  2. 保存Word文档,注意保存类型为“筛选过的网页”,保存后的文档应该是htm格式的,如果有图片的话,会产生一个对应的图片目录;
  3. 打开Calibre软件,添加该htm文档后再转换成想要的ePub或mobi格式的电子书(建议将Calibre的语言设置成英文的,这样转换获得的电子书的语言就默认是英文,才可以使用Kindle的英汉词典);
  4. 如果你使用Kindle的话,建议在电脑上安装Send to Kindle软件,就可以一键将该文档发送到你的Kindle设备上,优点显而易见:不需要用数据线连接电脑传送文档,还可以多设备间同步阅读进度和笔记。

这些步骤看起来麻烦,但是走两个流程之后就会非常便捷,也就是分分钟的事情。

阅读愉快。

肝癌临床研究推荐文献(共8篇)

肝癌临床研究领域推荐的8篇文献,文末提供打包下载。这些文献包括了综述、指南、临床试验、临床研究等等。向入门的同行推荐,欢迎交流。

一周前已经写好了这个日志,不过还是磨蹭了几天做了些推敲。本来打算冠名为“必读文献”,也打算凑齐10篇的,但是前者太骇人听闻了,还是低调一点,毕竟我的学识极其有限;至于后者,凑齐10篇还是比较困难的,就8篇吧。仅限于向入门的同行推荐,如果你觉得有其他的经典文献,也可以留言或者Email交流。本文推荐的8篇文献的pdf版本在文末提供打包下载。

  1. Llovet JM, et al., Lancet (2003) Hepatocellular carcinoma.
    Llovet在03年发表在Lancet上题名即为“肝细胞癌”的综述。这是我的入门读物,在我们还不知道怎么看英文文献时,一字一句的勉强读完了,后来有幸在《Lancet中文版》上发现了这篇综述全文中文翻译,又对照看了一遍。这篇03年的综述的大部分的数据在6年后的今天仍具有很高的参考价值,因为这些年来,肝癌临床研究领域真正的进展并不多。延伸阅读:这篇综述的更新,发表在09年的Lancet oncology上,见《近年肝癌临床基础研究进展》一文。
  2. Bruix J, et al., Hepatology (2005) Management of hepatocellular carcinoma.
    作者同样来自BCLC,但这篇指南性的综述是以AASLD名义发表的,涵盖了肝细胞癌的筛查和诊疗指南。推荐本文的目的在于,我们除了需要了解西方肝癌规范化的处理方式,更重要的是了解循证医学思维方式,了解各种诊疗手段在可信程度上存在的不同等级。
  3. Cheng AL, et al., Lancet Oncol (2009) Efficacy and safety of sorafenib in patients in the Asia-Pacific region with advanced hepatocellular carcinoma: a phase III randomised, double-blind, placebo-controlled trial.
    Llovet JM, et al., N Engl J Med (2008) Sorafenib in advanced hepatocellular carcinoma.
    这两篇随机对照试验做一起推荐。索拉非尼(sorafenib)可以延长晚期肝癌患者的生存时间,是来自于欧美地区(SHARP)和亚太地区(Oriental,部分介绍见这篇日志)的两个III期临床研究的结论,索拉非尼本身也是目前为止可通过最严格的检验的药物。两篇文献可选择阅读,了解临床试验的基本方法,包括随机化,病人的纳入和排除,在肝癌临床研究中终点的选择等问题。
  4. Budhu A, et al., Cancer Cell (2006) Prediction of venous metastases, recurrence, and prognosis in hepatocellular carcinoma based on a unique immune response signature of the liver microenvironment.
    Hoshida Y, et al., N Engl J Med (2008) Gene expression in fixed tissues and outcome in hepatocellular carcinoma.
    同样是两篇文章放在一块儿推荐。两者从不同的角度揭示了癌周肝脏的特征与肝癌术后复发和转移的关系。前者发现的一组基因表达与肝癌的恶性表型相关,后者则发现的是另一组基因与肝癌的晚期复发——肿瘤新发——相关。前者让我对肿瘤的理解有了更深刻的认识,肝癌的恶性表型至少应该是肿瘤细胞本身和肿瘤转移靶部位——癌周肝脏——共同作用的结果,每次读这篇文章都有新的发现。后者在肿瘤理论上并没有太多惊人的突破,但是却具备了值得学习的优秀的临床研究应该具备的诸多素质。
  5. Ji J, et al., N Engl J Med (2009) MicroRNA expression, survival, and response to interferon in liver cancer.
    肝癌研究在高分杂志上露脸的机会并不多,这篇优秀的临床研究同样值得一提。前面的一篇日志已经做了较详细的介绍,这儿就不累述。研究样本来自两个肝癌中心,研究内容是热门的microRNA,建立了miR-26与性别、术后预后以及干扰素辅助治疗疗效的关系。很多优秀素质值得学习,microRNA在肝癌术后预后分层、个体化治疗中的潜在意义也显示出来了。另一篇同样关注miR-26a的Cell文章(DOI 10.1016/j.cell.2009.04.021),在临床前探索了这个小RNA补充治疗的价值,跟本文可谓相得益彰。
  6. 中国抗癌协会肝癌专业委员会, , 临床肿瘤学杂志 (2009) 原发性肝癌规范化诊治专家共识.
    要不要把这篇中文文献给加上去很是犹豫了一阵子。还是加上吧,作为入门读物。在循证医学的评估体系里,专家共识的证据等级很低,目前只适用于没有足够数据量的领域。肝癌领域虽然证据少,但也没有少到这个地步,我不知道为什么还把这个指导性(注意不是“指南性”)的东西称为“共识”。另外,遗憾的是,这个共识的证据大多数来自于欧美的实践的指南,包括AASLD、NCCN等的指南,我们作为一个肝癌大国却没有贡献什么有力的证据,有些遗憾。

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