文献获取与管理的经验总结

念了几年的研究生,电脑里收集了近7千篇pdf全文,建立了一些文献的获取和处理的经验,总结出来。希望能得到批评,以进一步提高管理效率。先用一张流程图来概括文献的获取和管理流程。

110417-专业知识订阅流程_加水印

几点补充说明:

  1. 文献的获取包括:(1)使用MyNCBI关键词订阅:包括特定作者(在我的研究领域我所感兴趣的作者)、单位(我们研究所)和主题词(发表在高分杂志上的肝癌论文)等等。(2)特定杂志的订阅:一般使用该杂志官方网站提供的服务,包括Nature系列的几个杂志,Hepatology、Lancet Oncology、Journal of Clincical Oncology等。
  2. 这些更新都使用邮件订阅到Gmail里,如果收到更新时恰好有时间,就当场根据题录(主要是标题和摘要)筛选感兴趣的论文,获取全文,使用我的方法规范化文件名,保存到桌面上。大部分时候是没有时间,只是扫一遍之后,打上星标。因为Gmail有Priority Inbox的功能,这些打上了星标的邮件就在邮箱首页形成了一个很好的Starred列表,相当于To-Do list。有时间的时候,看完一封邮件,去除星标,算是完成一个任务。
  3. 文献的全文获取后,我习惯使用自己的命名规则来规范化文件名,以方便使用Everything软件根据文件名进行全盘检索。我的规则是“[杂志名,年份]论文标题的缩写”。其实对于pdf文档,最好的办法是编辑文件的标签,但是检索起来相对困难、大多数杂志也不管pdf标签(Cell Press旗下的期刊都非常规范,这里要赞一下),其实最主要的原因是当我意识到规范化标签的时候,我已经收集了有3千多个pdf文档了,回溯的工作量过于巨大,只好放弃。如果你刚开始收集文献,那还是建议使用规范化的pdf标签来管理文档。
  4. 整理到桌面的文献全文,需要在有兴致的时候再浏览详细浏览全文。大部分文献只是扫几眼,标注几点感兴趣的东西,然后就移动到我的文档里相应的目录归类存档;有些重要的文章我会记录读书笔记,记录到Word文档里,方便以后复习。有些觉得有分享必要的,例如肝癌的临床研究进展和一些有兴趣的大众医学的东西,会写篇日志在blog分享。
  5. 阅读过程中经常会碰到有兴趣的参考文献,也会找到全文后放到桌面上当场或以后再翻看。有的几年前发表的一个观点的文章,我会看看这篇文章的被引用情况,了解这个观点的进展。这就是所谓的越查越深和越查越新。

《文献获取与管理的经验总结》有6个想法

  1. 中间没有一层叫Endnote么?我觉得放在桌面上还不如直接往Endnote里一丢,分个类叫read-it-later之类的…

    1. 自从EndNote支持了自动从pdf获取DOI并自动下载题录这个功能之后,这样做的确很有效率。
      在EndNote里面检索要方便的多,而且无需关心文件名。我试试可行性。


  2. Shannon:

    endnote的笔记是在有够傻的,所以还是配合evernote做笔记和上标签

    的确很傻,我以前做笔记集中放在一个word文档里,也要考虑转移到evernote里去。

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