在Android平板上阅读pdf科技文献

虽然说Kindle是阅读的利器,但是阅读图表丰富、文字较小的科技文献,可以触摸的平板必然是首选。因为具有多任务和开放的文件管理的优势,个人认为Android平板是阅读科技文献的最佳选择。

完整的pdf解决方案,至少应包括如下需求,而在Android平板上都已经具备了解决的软件:

  1. 良好的pdf阅读体验和丰富的pdf标注——ezPDF(功能足够强大的pdf阅读和标注工具);
  2. 与个人电脑间的方便同步文档——金山快盘(多平台同步文档);
  3. 便捷的查阅生词——ezPDF点击单词后,可以调用ColorDict快速查单词,后者是个支持stardict词库的免费词典工具。

目前我的基本流程是:电脑上开机启动金山快盘,把需要阅读的文献直接丢到金山快盘的同步目录下,后者自动同步到服务器上。在平板上需要阅读时,直接打开金山快盘,找到相应文献,点击下载后用ezPDF打开,阅读和标注后,退出ezPDF。如果文档有变化,在金山快盘里则以不同的图标来提示更改。点击该文档,会给出上传已修改文档的提示,上传更改即可。下次打开电脑则可以将已经标注过的文档上传至PC中。

 

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↑ ezPDF:丰富的标注功能和调出ColorDict查阅生词

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↑ 金山快盘:已更改过的文档的图标会显示出感叹号,点击会会提示将更改文档上传

文献获取与管理的经验总结

念了几年的研究生,电脑里收集了近7千篇pdf全文,建立了一些文献的获取和处理的经验,总结出来。希望能得到批评,以进一步提高管理效率。先用一张流程图来概括文献的获取和管理流程。

110417-专业知识订阅流程_加水印

几点补充说明:

  1. 文献的获取包括:(1)使用MyNCBI关键词订阅:包括特定作者(在我的研究领域我所感兴趣的作者)、单位(我们研究所)和主题词(发表在高分杂志上的肝癌论文)等等。(2)特定杂志的订阅:一般使用该杂志官方网站提供的服务,包括Nature系列的几个杂志,Hepatology、Lancet Oncology、Journal of Clincical Oncology等。
  2. 这些更新都使用邮件订阅到Gmail里,如果收到更新时恰好有时间,就当场根据题录(主要是标题和摘要)筛选感兴趣的论文,获取全文,使用我的方法规范化文件名,保存到桌面上。大部分时候是没有时间,只是扫一遍之后,打上星标。因为Gmail有Priority Inbox的功能,这些打上了星标的邮件就在邮箱首页形成了一个很好的Starred列表,相当于To-Do list。有时间的时候,看完一封邮件,去除星标,算是完成一个任务。
  3. 文献的全文获取后,我习惯使用自己的命名规则来规范化文件名,以方便使用Everything软件根据文件名进行全盘检索。我的规则是“[杂志名,年份]论文标题的缩写”。其实对于pdf文档,最好的办法是编辑文件的标签,但是检索起来相对困难、大多数杂志也不管pdf标签(Cell Press旗下的期刊都非常规范,这里要赞一下),其实最主要的原因是当我意识到规范化标签的时候,我已经收集了有3千多个pdf文档了,回溯的工作量过于巨大,只好放弃。如果你刚开始收集文献,那还是建议使用规范化的pdf标签来管理文档。
  4. 整理到桌面的文献全文,需要在有兴致的时候再浏览详细浏览全文。大部分文献只是扫几眼,标注几点感兴趣的东西,然后就移动到我的文档里相应的目录归类存档;有些重要的文章我会记录读书笔记,记录到Word文档里,方便以后复习。有些觉得有分享必要的,例如肝癌的临床研究进展和一些有兴趣的大众医学的东西,会写篇日志在blog分享。
  5. 阅读过程中经常会碰到有兴趣的参考文献,也会找到全文后放到桌面上当场或以后再翻看。有的几年前发表的一个观点的文章,我会看看这篇文章的被引用情况,了解这个观点的进展。这就是所谓的越查越深和越查越新。

EndNote X4版新特性简介(附与Word的冲突解决)

刚刚试用了一下EndNote X4,这个版本算是有了实质性的提升,提供了一些新的特性让我有些不能蛋定。 官方网站上提供了X4版的新特性视频介绍,可以去围观一下。这里讲讲我认为最激动人心的地方,那就是EndNote X4支持PDF文档的导入。

这不是简单的把pdf文档作为附件绑在某个文献条目后面,而是智能导入。导入pdf时,EndNote X4会遍历pdf文档,智能的找到文档的DOI号,从而与文献库里已经存在的条目智能的匹配;如果文献条目不存在,则根据DOI号码联网自动获取该pdf文档的作者、标题、杂志及年卷期等信息。自动获得条目信息不包括摘要,算是小遗憾。DOI相当于电子文档的身份证,每个文献的电子版(包括大多数中文文档哦)都有一个独立的DOI号码(详见官网的介绍),这就保证了批量导入(例如导入整个文件夹内的所有pdf文档)pdf文档时能做到与文献条目的正确匹配。但是对与NEJM的电子版是不灵的,因为这丫的在文档里不提供DOI编号。

此外,EndNote X4还支持对已导入文献库的pdf文档的全文检索,只需要将检索的field选择pdf,就可以做到全文检索了,再如下图所示。

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新版本介绍完毕。EndNote X3和X4版都与Word 2007的存在一点小冲突,表现为插入了EndNote参考文献的Word文档会变得奇慢无比,常常失去响应。我一度以为是跟Word的语法检查冲突,今天跟 @mrseacow 推友简单的交流后,我仔细的看了看,发现冲突其实只存在于Word 2007的“使用上下文拼写检查”。在Word里关掉这个选项便是。方法:Word 2007界面左上角的球 – Word 选项 – “校对”页 – 去掉“使用上下文拼写检查”前的勾。跟Word 2010可能也有类似的冲突,请自行测试。见下图所示:

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生物医学常用软件应用技巧

一些零星的技巧收集在这儿。

1. 禁止浏览器打开pdf文档。Acrobat或Adobe Reader安装时会给IE内核的浏览器增加pdf浏览插件,但某些以IE作为内核的浏览器内预览pdf文档时常常会停止响应,例如遨游。可以在Acrobat或Adobe Reader里禁止浏览器打开pdf,从而保持在网页内点击pdf文档的链接时直接下载,而不是在浏览器里浏览pdf文档。设置方法: 打开Acrobat或者Adobe Reader软件-菜单“编辑”-“首选项”-“因特网”-取消对“在浏览器中显示PDF”项的选择

2. EndNote与Office 2007的冲突。相信不少朋友已经升级到了Office 2007,如果同时使用EndNote管理参考文献的话,会发现插入了EndNote参考文献的Word文档会变得奇慢无比,常常失去响应。这是EndNote和Word 2007的拼写检查之间的冲突,目前还没有解决这个问题。为了避免冲突,只有割爱关闭Word的拼写检查功能了。设置方法:打开Word,点击窗口左上角“Office按钮”-“校对”页-将“在Word中更正拼写和语法时”下的勾都去掉,最多只可以保留“键入时标记语法错误”。(updated, 2010-6-19)打错了板子,其实冲突只存在于Word 2007的“使用上下文拼写检查”冲突。在Word里关掉这个选项便是。方法:Word 2007界面左上角的球 – Word 选项 – “校对”页 – 去掉“使用上下文拼写检查”前的勾。

3. SPSS 16.0以上的版本的使用的常见统计功能不见了。尽管你已经确认这个版本的SPSS已经完全xx了,但是但是Fisher确切概率法检验和生存分析等常用功能在analysis菜单下却找不到了。其实,高版本的SPSS的授权方式发生了改变,确切概率法和生存分析模块的使用是需要独立授权,需要额外的授权号。不过xx组织已经给我们做好了,以EDGE的Keygen为例,在Lock code里可以选择相应的模块来获取授权号,如图所示。

EDGE_keygen

我所赞赏的免费软件

受善用佳软的《Lifehacker:最值得感谢的 61 款免费应用》日志的启发,我也来罗列一下我所赞赏的免费软件,不包括网络应用。不过近年来软件的网络化是越来越明显的趋势了,很多优秀的软件也增加了网络功能,如词典软件在使用基本的本地词库的基础上,使用网络词库扩充;输入法的网络更新本地词库和同步用户词库;Opera也可以网络同步书签笔记等,Evernote则可以在多个平台上通过网络实现同步。优秀的软件可以是免费的,这里就是我常用且非常赞赏的免费软件列表:

  • Hoekey:快捷键软件,这是一个最大程度提高我工作效率的小软件,快捷键除了启动程序,还有调节系统音量、配合DevEject快速弹出光驱等功能,详见这里的介绍《小巧而强大的快捷键工具Hoekey》;
  • Everything:硬盘内文件名快速搜索软件,创建索引和搜索的速度之快,让我惊叹不已;
  • 百度硬盘搜索:本地文档全文检索软件。貌似是这个列表里唯一的国产软件(除了输入法和词典类软件),Google也有个Desktop,不过占用资源巨大,搜索结果条目显示方式不符合我的习惯,不得不放弃;
  • Avira AntiVir Personal:杀毒软件,占用资源很少,我用的是免费版,除了每次升级后弹出一个他们自己的广告窗口外其他没啥不爽;
  • Allway Sync:终于找的了我理想中的文件同步软件,详见同步控介绍
  • 7-Zip:文件压缩和解压缩,除了不能创建rar格式的压缩包(这个功能其实完全没有必要,大部分时候反而多事),但可以解压缩,因此可以完全可以取代收费的WinRAR;
  • 搜狗拼音输入法:网络词库的同步、自定义短语,如键入email就可以快速输入我的邮箱,键入rq,就可以输入多种形式的当前日期,还有些生僻但常用的字符的录入,如键入hif,就可以自动录入HIF-1α等等。
  • FastStone Image Viewer:除了图片浏览时的渲染速度稍慢(大量图片浏览可以用Google Picasa代替),但是强大的批量图片处理(包括加logo)、裁剪、调整尺寸等功能可以极其方便的实现;
  • MPlayer:换了这么多播放器,还是这个“神乎其技的播放器”用的最顺手,对我而言KMPlayer只是它的补充;
  • Opera:浏览器,一直搞不明白,为什么这么好用的浏览器居然市场份额这么小。此外,Opera还包含了RSS订阅和Email客户端;
  • CTerm:BBS的客户端软件;
  • Evernote:笔记软件,现在开始慢慢习惯这个软件,尤其是跟PPC的客户端配合,有时候会很方便;
  • PDF-XChange Viewer:PDF阅读器,小巧且开放大多数常用功能,包括标注、打字机等。pdf文件的创建和合并切割分别使用同样小巧免费的PDFCreator/doPDF和PDFTK Builder作为补充,详见这篇日志《免费替代Adobe Acrobat,就在今天》;
  • ImgBurn:光盘刻录和镜像软件,两三年前开始用上它之后,就再也没用过Nero的系列产品;
  • KeePass:密码管理,在PC上用这个密码管理软件已经好几年了,最近在PPC也用这个。值得一提的是,数据库和key文件几乎是无缝的放到PPC上去了;
  • 有道桌面词典:让我彻底的抛弃了全医药学大辞典之类的又大又不好用的收费软件,特别在将星际译王(StarDict)的词库转换成有道可用的词库之后,文末赠送星际译王的词库添加到有道的方法。

还有腾讯TM、飞信、迅雷等等,这些特殊的应用几乎无可取代,这里就不讨论了。

星际译王(StarDict)的词库添加到有道桌面词典的方法

  1. 星际译王的词库网站上下载你所需要的词库,格式是bz2的;
  2. 解压缩软件(7-zip或者WinRAR)对这个词库文件第1次解压缩,获得tar格式的文件,再次对这个tar文件进行解压缩,获得一个文件夹,里面包含idx,ifo,dz格式的3个文件;这时候可以删掉先前的bz2和tar这两个格式的半成品了;
  3. 下载、安装、打开有道桌面词典,按照下面的顺序操作:选项…->词典管理->添加,找到刚刚解压缩获得的文件夹里的ifo格式的文件,确认后添加;根据需要可以选择暂时停用某个词库或者改变词库的顺序;确定后有个短暂的软件假死,稍等片刻即可;
  4. 找点东西体验一下胜利果实吧。

免费替代Adobe Acrobat,就在今天

Acrobat作为官方的pdf工具无疑是最好的选择,我们需要一个小巧而免费的PDF生成、阅读、标注和编辑的解决方案,因为替代Adobe Acrobat的必要性:

1. 用不起这个软件:写这篇blog前去Adobe的官方网站看了一下,Acrobat 9.0 Pro版的售价是531 USD,这相当于Microsoft Office 2007 中文专业版的价格(4200 CNY);

2. 块头太大,莫名奇妙的出错:一个售价近4k,占用硬盘空间超过600MB大型软件,频繁出错是不能接受的,花大价钱的东西就应该更好用,而不是花钱买罪受,请个大爷回来。

Acrobat的基本功能分解:

A. pdf阅读器:Adobe公司出的免费版的Reader可以用,但块头一样不小(Adobe Reader 9.1.0 简体中文版安装包40MB+);
B. 高亮文字、加标注、图形标识(如方框、圆形和箭头等):看pdf文档总要加个记号啥的吧;
C. 从Office文档(*.doc, *.xls, *.ppt及图片文件)创建pdf,包括创建带水印、加密的pdf文档;
D. pdf文档的切割、合并:总有些文档的某些页面是多余的,需要去掉;还有些文档需要组合在一起以方便管理和阅读;
E. pdf打字机:填写一些pdf表格,在pdf文档里增加一些文字(最常用的就是投稿时的copyright transfer)。
F. 一些高级功能:如电子签名等。

我推荐的替代方案包括4个软件(总体积不足30MB)

1) 替代功能A、B和E,即pdf阅读、标注和填写文字:PDF-XChange Viewer。以前用过中国人写的同样小巧、优秀的pdf阅读软件Foxit Reader,不过Foxit Reader开放的免费功能要少一些,两个软件对于不免费开放的功能都是加上水印,但是XChange免费功能要多一些,而最常用的标注功能是免费的,所以强烈推荐XChange。如果要使用一些高级功能,又不想看到水印且经济许可,可以花30多刀买个全功能版。

2) 替代上述功能C,即创建pdf:PDFCreatordoPDF(链接可能已被墙)。这两个软件安装后,都是以pdf的虚拟打印机形式出现的。打开需要转换为pdf的文档后,打印该文档,选择PDFCreator或doPDF打印机,设置pdf文档的文件名和存放位置(前者需要填写一些文档的基本信息,且目前信息文字不支持中文),点击打印就行,生成速度非常快。建议这两个软件都装上,对于一些bt的文档,需要两个互补着使用,以达到最佳的效果。现在Office 2007和WPS Office都可以将文档到处pdf,大大减少了这类软件的使用。

3) 替代上述功能D,即pdf文档的编辑:PDFTK Builder。这个软件的功能涵盖了pdf的切割、剔除其中某些页面和多个pdf文档合并(均在Collate一个页面轻松实现,需要开动脑筋玩点小技巧)。还有些小功能,例如加水印和logo、设置密码保护页面旋转等。不是没有缺陷,编辑的文档的路径名和文件名中不能有中文字符,否则不能成功编辑。这个功能也可以通过XChange Viewer非免费地实现,就是给你打上4个花哨的水印,如手头宽裕则建议购买全功能的XChange。

提供打包下载(25.7 MB),两个pdf打印机需要安装,PDF-XChange Viewer和PDFTK Builder则是绿色版,解压之后即可使用。下载地址: Rayfile下载(已过期) | 纳米盘下载

此外,抛出疑问:1)两个免费的阅读器均不具备页面分割浏览功能,这是个什么样的功能,口头难以描述;2)有给pdf文档免费电子签名的替代软件吗?

updated, 2010-1-27