Endnote X6新特性小结

我是从X4版本跳过了X5直接升级到X6的。就不看更新日志,直接从我个人的感觉看这个版本带来了什么新特性了。先来个截图:

2012-08-22_endnote_x6

  1. 版式改变:这应该是最大的变化。以前条目栏和预览/pd浏览栏目是上下式的布局显示的,现在默认改成了左右栏显示,这对于大的宽屏显示器非常实用。当然,软件保留了老的布局,以适合小的显示器,例如笔记本。另外,将Search Panel放到了页面的上方,并且可以一键隐藏。这个改变也更符合搜索习惯,毕竟多数搜索引擎的对话框都放在页面上方。默认字体大小变成了8号字,密密麻麻的文字看起来很专业,但就是比较费劲,当然这点可以在首选项里更改。
  2. 增加已读状态和raing的字段:未读的条目以粗体字显示,可以一键设置为已读状态。增加了rating,这点很好,可以根据用户自己的评估标准(如论文的重要性和跟自己专业的相关性)进行分级,便于快速找到最重要的文献。并且可以以rating为字段限制搜索结果。
  3. 大窗口浏览pdf:可以在大窗口整页面中打开pdf文档,这无疑更有利于阅读,以前将pdf的浏览嵌在窗口以内,几乎没有实用性,而现在的感觉更像是一个全功能的pdf阅读器了(包括一些简单的标注功能),虽然有些卡顿。期待财大气粗Thomson能收购一些pdf阅读器团队(例如x-change viewer),好好完善一下这个模块。
  4. 在reference的编辑页面,增加了字母编辑的按钮,可以快速的将字母全部大写、全部小写、符合标题格式的首字母大写等等。
  5. EndNote本地数据库与EndNote Web的同步,这点我用不了,原因你懂滴。
  6. 专门回去看了一下X5的更新日志,倒没看到什么新奇的更新,主要印象是全面去挖Reference Manager的墙角去了,另外footnote的灵活性也增加了不少,这需要在Output style的编辑里慢慢体会。

Google Drive+EndNote建立自己的在线文献库

先讲为什么要选择EndNote而不是其他免费替代

随时访问自己的文献库一直是我的一个小小目标,也轻度尝试过一些解决方案,例如免费的Mendeley,但还是回归了收费的EndNote。至于同类软件/服务之间的差别,Medeley做了一个丰富的比较,详见这个页面。尽管这个页面上罗列了Medeley诸多的优点,但避免不了免费软件的通病,总觉得差点儿什么。例如:

  1. Medeley的桌面版导入pdf时自动获取的题录的准确度比EndNote差很多(虽然它号称具备多种提取技术);
  2. 在应付多个条目时,Mendeley反应也很缓慢。目前我的EndNote文献库中有了近2000个条目,其中877链接了pdf全文附件,但是运行起来仍然非常利索;
  3. 尽管Medeley具备pdf文档同步功能和iOS客户端,但在我使用的多个网络下,传输速度非常慢。

基于这几点,我还是在坚持使用EndNote。其实EndNote已经附送了高达1 GB的网络存储服务,但因为我用的是特殊版本,并且因为实验室网络的限制,不能完成网络同步,故而,同步必须依赖第三方。

120426_endnote

再讲为什么选择Google Drive

因为dropbox早早的被墙掉了,传输速度也不理想。我尝试过国产的金山快盘,在国产网盘里,快盘做得算是很用心的了,我也一度用它来同步我的未读文献,以方便地在android平板上阅读,并写过一点体会。但后来的重度使用中,发现了快盘在同步上存在一些缺陷,并最终放我放弃它。那就是,在一台电脑上使用Total Commander删除同步文件夹下的某文档后,在回到另一台也跟快盘同步的电脑上,这些文档又会很囧地同步回来。对我而言,放弃Total Commander没有可能,那就暂时放弃快盘,投入到慢悠悠但足够强大的dropbox了。幸运的是,dropbox没用几天,Google Drive就发布了。尽管不确定Drive会不会也存在同步上的各种bug,但俺对Google足够信赖。配合hosts的修改,Drive的连接速度也相当顺溜。在开通Drive的一大早,在不到两小时之内,我的1 GB左右的EndNote数据库就已经顺利地丢到了Drive上。

120426_drive

虽然目前还没有重度使用,但Drive+EndNote的好处至少有:

  1. 在多台电脑上使用EndNote数据库,对我而言是最重要的。虽然说文件的概念越来越被淡化,但作为墙内用户,将各种东西放在身边才更有安全感;咱网络状况一般,放在本地访问速度也有个保障。
  2. 获得了pdf的全文搜索功能。作为一个使用PC的普通青年,实现pdf全文搜索并不容易,借助Google Desktop+PDF filter本地索引,使用起来体验并不好(有些怀念百度的那个山寨货“百度硬盘搜索”,可惜丫不干了)。
  3. 只要有网络,就可以随时翻阅我的文献库。在Android手机或者平板上想要阅读某篇文献时,直接使用Google Drive的android客户端搜索,下载全文,就可以在ezPDF里方便地阅读或标志。但标识后的pdf文档能不能顺利保存回Drive还没有充分测试(dropbox可以自动保存回去,金山快盘需要手工上传)。

一点提醒:EndNote处理链接的附件时,自动形成的文件路径较为变态(将xxx.pdf放置于“\数据库名.Data\PDF\xxx-10位数的编号”文件夹下),会造成路径名太长,增加在非PC上处理困难的出现率。

EndNote X5实用改进和更新

EndNote的升级速度之快有目共睹。虽然科研人员时间没那么宝贵,但能省一点是一点儿。这个可以极大的提高管理文献的工具也就值得好好学习。今天抽时间把EndNote X4升级到了X5,并仔细的看了一下What’s Now信息,把这个版本实用的改进和应用做了一些揣摩,并列举如下。如果你觉得哪个功能对你很重要,那就赶紧升级吧。

1、改善自动获取题录的形式。去年X4更新时,曾经写过一篇日志介绍新特性,其中最实用的就是pdf文档的直接导入功能。简单的说,就是在导入pdf文件时,EndNote自动联网匹配对应的题录信息(大多数pdf文档可以正确的匹配到题录信息),避免自己手工联网寻找对应的题录。但在X4里,这个功能存在缺陷,匹配的题录的杂志名是全称,而不是PubMed标准的缩写(例如获得杂志名是Nature Medicine而不是Nat Med)。但实际引用该条目时,只需要杂志名的简称就行了。现在X5已经改善了该功能,只获取杂志的简称而不是全名。另外,获得作者也不是全名,而是更为实用的简称了。

2、增加了更新题录的功能。选择单个题录,右键弹出菜单里选择“Find Reference Update”后就可以对以往的题录进行自动更新。这个功能非常有用,因为常常文献库里常常有一些没有正式出版的文献,这些文献还没有分配卷、期和页码,但在实际引用时,该文献已经正式发表,就需要提供卷期页码信息。如果自己手工的更新题录,无疑会很费时,现在直接点几次按键就可以完成了。对于以前使用pdf自动导入功能,自动获取题录里的杂志名是全称的条目,也可以以这个方法进行更新,获得杂志的简称。

3、增加缺失字段的替代功能。同样对于引用未正式出版的文献的提升,在引用无卷、期和页码的条目时,通常需要提供该文献的DOI来,例如这篇文献在引用时还没有正式出版,会引用成这个模样:
Daenen LGM et al: Chemotherapy enhances metastasis formation via VEGFR-1-expressing endothelial cells. Cancer Research 2011.
现在对这个style重新编辑,在Bibliography一栏的Field Substitution里勾选第3个选项“If the Volume and Pages fields are empty, use:”其他的默认就行。更新后的style会显示成:
Daenen LGM et al: Chemotherapy enhances metastasis formation via VEGFR-1-expressing endothelial cells. Cancer Research 2011, 10.1158/0008-5472.can-11-0627.
就是增加了DOI的号码。还有几个其他的不全字段的替代功能,只有这个最有用。需要的时候可以再琢磨。

4、集成PDF浏览和标注功能。将以前的Quick Edit标签(对条目的Auther、Year、Title等题录信息进行快速编辑)升级成“PDF & Quick Edit”标签,可以在这个tab里快速对附件里的pdf文档进行浏览、搜索、标注等;通过调整这个标签的大小和分栏,也可以获得满意的浏览效果,尤其在宽屏显示器上。

5、改善的引用方式。在写综述时,经常在文中里这样描述,Zhu et al (2006) found that…云云,最典型的就是Cell系列的综述这么做。以往只好手工的进行调整,现在这样子做变得简单了,直接在插入参考文献时点击Find Citation按钮,在弹出对话框里找到需要的文献,在Insert按钮旁的下箭头下拉里选择“Insert & Display As: Author (Year)”即可。如下图:

2011-11-20_auther_year_mode

 

6、本地的EndNote数据库和EndNote Web之间互传。有些云同步的意思,不过我没法升级我的EndNote Web帐号,没办法将附件传到网络上,但可以顺利的上传和下载题录信息。

EndNote X4版新特性简介(附与Word的冲突解决)

刚刚试用了一下EndNote X4,这个版本算是有了实质性的提升,提供了一些新的特性让我有些不能蛋定。 官方网站上提供了X4版的新特性视频介绍,可以去围观一下。这里讲讲我认为最激动人心的地方,那就是EndNote X4支持PDF文档的导入。

这不是简单的把pdf文档作为附件绑在某个文献条目后面,而是智能导入。导入pdf时,EndNote X4会遍历pdf文档,智能的找到文档的DOI号,从而与文献库里已经存在的条目智能的匹配;如果文献条目不存在,则根据DOI号码联网自动获取该pdf文档的作者、标题、杂志及年卷期等信息。自动获得条目信息不包括摘要,算是小遗憾。DOI相当于电子文档的身份证,每个文献的电子版(包括大多数中文文档哦)都有一个独立的DOI号码(详见官网的介绍),这就保证了批量导入(例如导入整个文件夹内的所有pdf文档)pdf文档时能做到与文献条目的正确匹配。但是对与NEJM的电子版是不灵的,因为这丫的在文档里不提供DOI编号。

此外,EndNote X4还支持对已导入文献库的pdf文档的全文检索,只需要将检索的field选择pdf,就可以做到全文检索了,再如下图所示。

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新版本介绍完毕。EndNote X3和X4版都与Word 2007的存在一点小冲突,表现为插入了EndNote参考文献的Word文档会变得奇慢无比,常常失去响应。我一度以为是跟Word的语法检查冲突,今天跟 @mrseacow 推友简单的交流后,我仔细的看了看,发现冲突其实只存在于Word 2007的“使用上下文拼写检查”。在Word里关掉这个选项便是。方法:Word 2007界面左上角的球 – Word 选项 – “校对”页 – 去掉“使用上下文拼写检查”前的勾。跟Word 2010可能也有类似的冲突,请自行测试。见下图所示:

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生物医学常用软件应用技巧

一些零星的技巧收集在这儿。

1. 禁止浏览器打开pdf文档。Acrobat或Adobe Reader安装时会给IE内核的浏览器增加pdf浏览插件,但某些以IE作为内核的浏览器内预览pdf文档时常常会停止响应,例如遨游。可以在Acrobat或Adobe Reader里禁止浏览器打开pdf,从而保持在网页内点击pdf文档的链接时直接下载,而不是在浏览器里浏览pdf文档。设置方法: 打开Acrobat或者Adobe Reader软件-菜单“编辑”-“首选项”-“因特网”-取消对“在浏览器中显示PDF”项的选择

2. EndNote与Office 2007的冲突。相信不少朋友已经升级到了Office 2007,如果同时使用EndNote管理参考文献的话,会发现插入了EndNote参考文献的Word文档会变得奇慢无比,常常失去响应。这是EndNote和Word 2007的拼写检查之间的冲突,目前还没有解决这个问题。为了避免冲突,只有割爱关闭Word的拼写检查功能了。设置方法:打开Word,点击窗口左上角“Office按钮”-“校对”页-将“在Word中更正拼写和语法时”下的勾都去掉,最多只可以保留“键入时标记语法错误”。(updated, 2010-6-19)打错了板子,其实冲突只存在于Word 2007的“使用上下文拼写检查”冲突。在Word里关掉这个选项便是。方法:Word 2007界面左上角的球 – Word 选项 – “校对”页 – 去掉“使用上下文拼写检查”前的勾。

3. SPSS 16.0以上的版本的使用的常见统计功能不见了。尽管你已经确认这个版本的SPSS已经完全xx了,但是但是Fisher确切概率法检验和生存分析等常用功能在analysis菜单下却找不到了。其实,高版本的SPSS的授权方式发生了改变,确切概率法和生存分析模块的使用是需要独立授权,需要额外的授权号。不过xx组织已经给我们做好了,以EDGE的Keygen为例,在Lock code里可以选择相应的模块来获取授权号,如图所示。

EDGE_keygen

分享EndNote的几个style(101213更新)

今天花时间把EndNote的几个常用样式改了改,放在这里分享一下,应该有朋友用得上。共3个style,这里下载。分别说明如下:
zhu_Chinese.ens
用于中文论文的参考文献管理(主要特征是序列号加上了方括号,且为上标)。从Chinese Std GBT7714 (numeric)修改而来,主要修改之处:去掉字体,作者姓名改成了正确的大小写方式,同时作者姓名由“Smith A B”改成了“Smith AB”形式(去掉了A和B之间的空格)。

zhu_all author.ens
顾名思义,就是陈列所有作者。这点在写标书、简历和申报奖项等正式场合使用,陈列所有作者,以显示自己所在的作者顺次,从而更客观和公正。

zhu_ppt.ens
用于幻灯片,这是我喜爱的一个样式,形式为“ Smith AB, et al., Jounal 2009”。“Smith AB, et al ”是斜体的。看到别人的幻灯片里面参考文献形式多样,我就头疼,算有个洁癖,有了这个就可以统一规范自己的样式了。

使用方法,直接复制这3个样式到EndNote安装目录下的Styles下,然后在EndNote或Word里面切换样式,以z定位,就可以方便找到这3个样式了。原谅我在每个style前面加上了我的痕迹,其实可以用于定位。如果链接失效,请在日志下留言,我会第一时间修正下载链接并email通知您。

updated, 2010-12-13,再次更新自制style的下载链接