小苏打治疗肝癌?别闹了

任何一个已发表的临床研究的结果,都值得批判性地阅读。这篇短文评价的就是最近在微信里被吵得很热的那篇碳酸氢钠(小苏打)用于肝癌介入治疗,取得神效的论文(Chao, et al. eLife 2016)。如下是我的个人看法。

​这项研究最关键问题:所评价的主要终点是残存的活性肿瘤(viable tumor residues (VTR))和客观缓解率(EASL标准),但影像学方法评估介入后的这两项指标都比较主观,何况这是非盲性的设计。

这篇论文分为两个部分,第一个部分是回顾性分析,第二部分是RCT,以下分别来讲。

第一部分的问题:

1、两组之间的不均衡,碳酸氢钠组的病人特征优于对照组,表现为胆红素较低,甲胎蛋白较低,P值在0.05附近(检验和卡方检验,P值分别为0.049和0.051),这两项指标都是常见的预后相关因素,很难说碳酸氢钠组的生存优势不受这两个指标影响。

2、对照组患者选择存在问题,回顾性的研究应采用propensity match的方法来选择对照,而不是根据研究纳入标准选择历史对照,这很容易导致偏倚。

第二部分的问题:

1、研究注册在中国的网站上,网站上显示,这是一个典型的先开始研究,再回顾性注册的RCT。

2、样本量太少,在RCT中,太小的样本量是疗效被夸大的最常见原因。

3、以残存的活性肿瘤为评价标准,碳酸氢钠组获得了巨大的优势,这个标准如前所说,是主观的影像学判读标准;但客观标准上,生存时间并没有优势,作者以对照组的患者cross over到碳酸氢钠组一笔带过,但RCT中,ITT方式分析结果才最可靠。在主要终点上获得了阳性结果,但没有次要终点支持时,需要谨慎地采信主要终点的阳性结果。

我曾经统计了肝癌领域在2015年发表的RCT(以英文文献方式发表),国外的几项研究无一例外都没有达到主要终点,但国内发表了RCT多达40余项(国内肝癌的发病占全球的一半可以解释这个巨大的数量),但国内的研究都是单中心的研究,除了北京协和医院的一项研究是阴性结果,其他的40多项居然都是阳性结果。这些单中心研究结果的可重复性,请自行判断。

如何批判性地阅读临床研究的结果,推荐近期发表在NEJM杂志上的两篇综述,均有免费全文可以下载:

1、The Primary Outcome Fails — What Next?

2、The Primary Outcome Is Positive — Is That Good Enough?

一加2简单上手

现在是iPhone 5S+Nexus 5双枪,分别插主力的移动4G卡和联通3G卡。但慢慢受不了iOS上一些不便之处,还是想回到双卡双待的Android机器。于是入手了一加2,但有些失望,又速度出手了。

  • 太大太重,傻大黑粗的典型形象,比iPhone 6 Plus还要重几克(分别是175g和172g),这点难以忍受。
  • 发布会上把屏幕吹上了天,但我实在是没看出来比Nexus 5的屏幕强在哪儿。当然可能是那个原厂的贴膜毁了这个屏幕的锐利度。
  • 机子的反应真不够利落,虽然Android系统是资源消耗大户,但4G RAM的威力目前还发挥不出来,触摸手感和系统的反应速度似乎甚至比不上Nexus 5。面向海外用户的Oxygen OS值得一提,在原生Android系统的轻度定制,有些“不多不少刚刚好”。另外,氢OS有个很好的特性值得一提,在氢OS上设置好锁屏密码或指纹,刷了Oxygen OS之后这些安全措施就会失效,但是清楚数据后重新刷回氢OS,机器会被再次上锁。估计这些安全数据会被保存在独特的硬件上。
  • 发热。刷了氧OS之后,我直接从菜市场恢复Nexus 5上安装的应用,因为家里国际精品网了,下载和安装速度很快,算是重度使用,这时候金属边框烫得不能摸,特别是上半部分的边框。驯服高通骁龙810的散热,凭借一加的一点儿技术积累,真是有些螳臂当车。高通自己都搞不好,跟一加合作之后就搞好了,可信度很低。
  • 三段式的静音按钮固然很好,但是却把Android L的定时关闭勿扰/静音模式的特性给毁掉了。L的ROM可以实现在下一个闹钟响起时自动结束勿扰/静音模式,这在午睡时非常有用,此外还可以给勿扰/静音模式指定关闭时间,以免忘了关闭而错过电话/提醒而误事。
  • 原配的那个后壳真的可以磨死皮,很神奇。但凯夫拉后盖的质感很好,看起来漂亮,很赞。

还是放弃一加2, 等待下一代Nexus和国行版的MOTO G/X吧。

小米2S电信版上手简评

电信无好机。自从弄了一个电信的副卡之后,我就不能蛋定。先几百米入了一个黑莓9630,用这货来上网本来就没什么体验可言,最多刷微博和装上UC刷D版,明显辜负了这2GB/月的大流量。要命的是,这货还没解决断网问题,但我想要用它来上网时,他丫断网了,只好重启。而重启又是一个漫长的过程,蹲坑结束了,它往往还没有重启结束。痛定思痛,换成了肾5,终于安逸了很久。一天,领导的手机被偷,我的肾5就被征用了,我又再次进入了不能蛋定的状态。

2K价位的智能手机平台,可堪一用的只有Android了,而这个价位也没有什么好的选择。反复比较,还是小米2S电信版最良心。2GB RAM跑4.x版本的Android的系统毫无压力,也提供了以后进一步升级系统的可能。这个电信版的价格跟GSM版本价格相同,但其实算是三网版,可以支持电信和联通3G,还有移动2G。

买了个具有特权的所谓F码,在线下单,经过了长达6天的等待,终于入手了。到手第一感受就是包装很精致,出厂时的屏幕保护膜居然能捋得非常平整,让我略震惊。手机偏厚,但做工算精致,比三星之类的还是有差距的。机身塑料感实在是非常非常强。整体感觉小米模仿三星有些过于用力,白色后壳也搞的光溜溜的,而屏幕也是滑溜溜的,于是到手后第一天晚上,就被我闺女从床上丢掉了地上,幸好没有造成外观上的人为损伤。屏幕挺惊艳,IPS屏幕的色彩和可视角度不是盖的,小米又将自动亮度调高了一点,整体看起来非常出彩。没有跟肾机直接对比,但感觉即使有差距,也是微乎其微的。比Galaxy Nexus的SA屏要精细和透亮多了。因为后盖太滑,我不得不去天猫买9.9元包邮的磨砂套。信号强度还可以的样子,在地铁里的表现跟三网版肾5差不多。

xiaomi_2S_cdma

MIUI V5系统也没什么好说的,以前在三儿子上体验过,感觉不错,但因为三儿子1GB的RAM跑不开,另外还有些细节上的bug不能忍受,只好刷掉了。值得一提的是,小米居然能内置了Google服务框架,这点也让我感动,直接找一个Play商店的apk文件就可以安装了,然后Google的所有服务都可以顺利地使用起来。还需要一些简单的折腾:

  1. 出厂时带的ROM是稳定版的,没有开放ROOT权限,需要刷成开发版,刷机是个容易的过程。值得一提的是,这个ROOT权限用起来挺舒服,没有SuperSU授权时的一堆提示。有了ROOT权限,ShadowSocks使用起来就没压力了,GAEProxy应该也好用。
  2. MIUI在小米2S上跑起来也是溜溜的,但我非常不能忍将所有应用都堆在桌面上这种iOS式的脑残做法,还是换上了Nova Launcher,跑起来当然也毫无卡顿。
  3. 三儿子的返回键放在屏幕最左侧,而小米放在最右侧,为了避免分裂,折腾修改配置文件,将返回键跟菜单键做了互换。编辑这个文件就可以了 /system/usr/keylayout/sensor00fn1a.kl。

缺陷还是不少,但还能忍受,一来是作为二奶机,二来我比较能忍:

  1. 高强度折腾时无故重启数次,但这个重启速度很快,估计只是重载了用户界面;
  2. 不管在Play商店还是小米的应用商店里下载应用,后台下载,前台折腾时,部分应用经常出现安装失败,提示数据包错误之类的。要想成功安装,只有安静地让他下载安装;
  3. FC也是常有的事情,不知何故,不想深究。

如果硬件不出故障的话,整体而言,还算满意。

如何使用SPSS进行PSM操作

在维基百科里这么描述PSM:

In the statistical analysis of observational data, propensity score matching (PSM) is a statistical matching technique that attempts to estimate the effect of a treatment, policy, or other intervention by accounting for the covariates that predict receiving the treatment.

简单来说,很多观察性研究对比两组患者的某个终点,但因为两组患者的基础水平的因素存在差异,而这些因素跟研究者观察的终点存在相关性。为了减少该参数掺杂引起的共线性,通常的做法是分层分析。但分层分析往往很大程度上损失病例量,于是出现了这个叫做PSM(又叫做PSA [PS analysis])的操作。PSM操作的主要目的是在两组患者之间挑出基础水平相当的患者,以进行进一步的分析。

SPSS也可以进行这项操作,huangwei98已经详细描述了如何配置SPSS插件,但有些掺杂信息干扰。我重新做了整理,并将主要的工具上传到了网盘里以方便下载。我使用的是SPSS 18.0。

  1. 安装SPSS 18.0统计软件——我提供的几个小工具都是针对SPSS 18.0的,所以建议安装这个版本;
  2. 这个链接下载工具包,解压缩,获得3个文件(R-2.8.1-win32.exe,PASWStatistics_RPlugIn_1802_win32.exe,psmatching_2.spd),以下都用得着。注:这3个文件对应的是18.0版本的SPSS,如果你使用的是更高版本的SPPS,请在如下步骤的“原始下载链接”中下载对应的文件);
  3. 运行R-2.8.1-win32.exe(原始下载链接),安装R for Windows;
  4. 运行PASWStatistics_RPlugIn_1802_win32.exe(原始下载链接),安装SPSS的R语言插件;
  5. 打开SPSS软件,在菜单里操作:Utilities – Custom Dialogs – Install Custom Dialog (实用程序 – 定制对话框 – 安装自定义对话框),选中psmatching_2.spd文件(原始下载链接)以安装。
  6. 重启SPSS,在Analysis(分析)菜单里就可以看到PS Matching了。

2013-07-27_psm

其实说到底很简单,就是Thoemmes君开发了SPSS的PS Mathcing的插件,因为这个插件是R语言写的,所以要额外安装SPSS的R语言扩展。简单用了一下,这个插件存在一些不足,Thoemmes的论文里也提及了:只能做两组间的匹配,不能有更多组;需要平衡的因素不能有缺失值(一个缺失值也不能容忍)。更详细的信息请参考Thoemmes的论文吧,里面写的非常清楚。

 

主要参考资料:

  1. huangwei98: 为了propensity score analysis(倾向性分析),真是曲折也!
  2. Thoemmes, F: Propensity score matching in SPSS

科学文献的移动阅读:我的经验

电子文献取代印刷版文献已经成为事实,但多数懒惰的出版社只提供pdf格式的电子文献供下载。pdf是印刷出版时代的产物,在PC上阅读没有问题,排版精美且易于标记。但先进移动阅读已经成为趋势,在屏幕较小的手机或平板上阅读,pdf格式太反人类。目前的移动阅读已经拥有了各种便利,包括同步阅读进度、笔记

幸好,现在已经有了一些解决方案,这些解决方案要不来自于前卫的良心出版者(例如ScienceDirect和Pubmed Central),要不就。。。只有自己动手。

目前最通行的电子书格式有epub和mobi两种。ePub是开源的电子书格式,多数主流阅读软件支持它,包括eBooks (iOS平台)和各个平台的多看阅读等等。mobi则是Kindle折腾出来的一种格式,理所当然地被被Kindle电纸书和各个平台的Kindle app所支持。

在生物医学领域,ScienceDirect数据库是最为庞大的一个。这个数据库的全文文献在提供pdf格式的同时,也提供ePub或者Mobi(Mobipocket)格式备选。在相应全文的pdf链接的右侧,点击“More options…”按钮,可以选择下载其中的任意一个格式。但都有一个等待的过程,系统提示正在为读者转换对应格式。等转换结束了,再点击相应的链接,就可以直接下载了。

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NCBI旗下的Pubmed Central(PMC)一直良心地提供免费全文下载。作为一个国企,他们居然能一直保持前卫且一丝不苟地为人民服务,让我震惊。尽管他们也早早地为全文增加了PubReader服务(这里有示例),简单地讲,就是给网页版的全文做重新排版,适合在小屏幕上阅读。但毕竟还是网页版的,不利于做笔记和离线阅读。好在他们同时也提供了ePub格式的全文。在页面的左上角点击后就可以直接下载。如果需要在Kindle上阅读,可以用Calibre软件转换成mobi格式。

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其他数据库里包含的全文,就没有办法了。但如果你经常阅读一些评论性的文字,这些文字里没有复杂的表格,可以考虑将文字复制粘贴到Word文档里,做一系列简单的转换,自己制作电子书。本站一直在提供的“Nature Reviews. Cancer杂志热点导读电子书分享”就是这么来的。这里只简单地说一下转换步骤:

  1. 浏览网页版全文(需要具备相应权限),将全文贴到Word文档里。建议做简单的排版,如果是多篇文章的话,建议使用样式来排版并生成目录。
  2. 保存Word文档,注意保存类型为“筛选过的网页”,保存后的文档应该是htm格式的,如果有图片的话,会产生一个对应的图片目录;
  3. 打开Calibre软件,添加该htm文档后再转换成想要的ePub或mobi格式的电子书(建议将Calibre的语言设置成英文的,这样转换获得的电子书的语言就默认是英文,才可以使用Kindle的英汉词典);
  4. 如果你使用Kindle的话,建议在电脑上安装Send to Kindle软件,就可以一键将该文档发送到你的Kindle设备上,优点显而易见:不需要用数据线连接电脑传送文档,还可以多设备间同步阅读进度和笔记。

这些步骤看起来麻烦,但是走两个流程之后就会非常便捷,也就是分分钟的事情。

阅读愉快。

提前跟Google Reader说再见

在即将到来的建党节,Google Reader就要被拔掉呼吸机,不太安乐地死掉了。从六月初开始,我试着用Feedly来代替Google Reader。但在手机或平板上,还在用着Google Reader衍生的第三方客户端阅读,例如Flipboard和Reeder/Newsify。好在Feedly和Google Reader的阅读状态可以同步,也不会有什么冲突。但今天打开Feedly,顶栏提示他们不再与Google Reader同步状态,并且祝他快乐退休。在Feedly里,我的未读条目数也变成了999+,可以看出来,Feedly已经脱离了Reader,自己来抓取RSS订阅数据了。

好吧,为了安逸地使用Feedly,就将*.feedly.com加入了代理的规则中,下一步要做的就是等着支持Feedly的第三方客户端跟进了,因为Feedly自己出的客户端实在是太蛋疼了。

跟Google Reader这个伟大的服务说再见。他为信息获取提供了高效的渠道,对我这样的墙内用户,又增加了额外的价值。

这几年的阅读记录。

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下面是我看得最多的信息源。

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